Pour ma part, après une licence de géographie à Lille 1, j'ai intégré directement le master pro de l'IAUL et j'ai fait les deux années (j'ai été diplômé en 2008).
En parallèle, un de mes camarades de géo a fait lui le M1 recherche GMT et a ensuite intégré le M2 pro.
C'est donc possible ... mais après je ne sais plus s'ils ont été beaucoup à pouvoir faire cela.

Quant à la réputation, je sais que la filière pro est reconnue, mais pour la filière recherche du master ... je ne saurais pas te renseigner.

Bon courage