1° faire du commercial constitue un des aspects incontournables d'un travail dans un bureau d'études (démarchage clientèle, réponse à appels d'offres... pour décrocher des contrats, des études). Le fait est qu'habituellement, on ne donne pas ce rôle à un débutant. Je trouve cependant qu'il est toujours intéressant de construire son expérience dans le domaine le plus tôt possible ; cela permet de comprendre les enjeux d'un contrat et les impératifs d'une mission (financiers, temporels…).

2° tu parles d'un stage. Comment peux-tu être embauché en tant que stagiaire alors que tu n'es plus inscrit à l'université ? Je me méfierais de ce genre de proposition contractuelle qui n'est pas très respectueuse du parcours que tu as accompli jusqu'à présent, ni même des personnes qui par ailleurs sont en recherche d'emploi et voient ces emplois disparaître au profit des stages.
Le poste que cette entreprise te propose est un poste à responsabilité. Sois donc vigilant sur son descriptif dans ton contrat de travail. Demande-leur de te faire parvenir un exemplaire de ce contrat afin de pouvoir étudier leur proposition à tête reposée (le contrat doit décrire qualification, salaire, période d’essai, préavis, éventuellement clause de mobilité, clause de résultats, clause de non-concurrence…). Demande leur également s'ils sont soumis à une convention collective ; si c'est le cas, celle-ci doit recenser les différents niveaux de qualification de la branche métier à laquelle ils appartiennent et les types de responsabilités s'y rattachant. Demande-leur où ils te situent dans cette grille (cela doit apparaître dans ton contrat).
Peut-être ont-ils en tête de te faire signer une clause de résultat. Dans ce cas, veille à ce que cette clause soit bien détaillée (montants, délais…) et ne soit pas totalement irréalisable.

3° En tout état de cause, il me semble important qu'un statut correspondant à ton niveau de responsabilité apparaisse nettement dans ton contrat de travail (les responsabilités qu'ils te proposent ne correspondent pas un statut de stagiaire, ni même d'assistant d'études, au mieux de chargé d'études ou de chef de projet…). Le salaire est une autre chose mais tu pourras d'autant mieux négocier, quelques mois plus tard, une augmentation avec un vrai statut. Demande-leur si, en fonction de tes résultats, une renégociation de salaire pourra s'envisager et dans quels délais. Quoi qu'il en soit, d'un point de vue de la légalité, je ne pense pas qu'ils puissent te rémunérer en-deçà du SMIC.

4° mon expérience m'a montré que les petites structures sont souvent peu informées du droit du travail, cela ne fait pas partie de leurs qualification première, et ont des pratiques parfois douteuses (volontairement ou involontairement ?) avec leurs salariés. Renseigne-toi bien sur le droit du travail avant de signer quoi que ce soit ; sans les brusquer, cela montre que tu es carré et organisé dans ta manière d'engager un contrat (cela doit pouvoir les rassurer par rapport aux missions commerciales qu'ils te proposent).

Voilà. J'espère t'avoir éclairé. Quelqu'un ayant une connaissance juridique approfondie pourra peut-être t'en dire plus.