Effectivement, la question se pose, elle est légitime, d'autant que les 3 instituts d'urbanisme que tu as cités sont cousins germains !
Petit historique : ici, http://urbanisme.u-pec.fr/presentation/histoire/

où l'on apprend que :
"L'Institut d'urbanisme de Paris est l'héritier d'une des plus longues tradition d'enseignement de l'urbanisme en France. Si ses pères fondateurs (Marcel Poëte, le «savant» et historien, et Henri Sellier, le politique et administrateur) sont deux fortes personnalités de l'histoire de l'urbanisme français, l'histoire de cette institution révèle quelques enjeux d'une discipline aux facettes multiples.

Les origines : de l'Ecole des Hautes Etudes Urbaines à l'Institut d'Urbanisme de l'Université de Paris

Les origines de l'Institut d'Urbanisme de l'Université de Paris s'inscrivent dans le contexte institutionnel et intellectuel du début du XXème siècle, qui voit s'élaborer dans toute l'Europe un ensemble d'idées, mais aussi de pratiques opérationnelles de l'aménagement urbain.
(...)
En 1924, l'Ecole des Hautes Etudes Urbaines intègre la Sorbonne en 1924, et devient l'Institut d'Urbanisme de l'Université de Paris. Rattaché à la faculté de droit, la dimension juridique sera fortement présente dans les années 30. Ce statut confère cependant à l'Institut une certaine autonomie administrative et pédagogique. Peu de modifications sont apportées jusqu'aux années 40: le déménagement rue Michelet, dans les locaux de l'Institut d'Art indique peut-être l'affirmation d'une sensibilité "Beaux-Arts" en matière d'aménagement urbain...

L'institution conserve son prestige national et international, attirant de plus en plus d'étudiants, mais manquera de disparaître dans les événements de mai 68.

Pierre Lavedan n'est plus directeur quand éclate mai 68. Son successeur depuis 1964, le juriste Georges Burdeau et son équipe pédagogique pourtant largement renouvelée dans les années 60, engagent la réforme des enseignements et du mode de fonctionnement, en liaison avec la création du Ministère de l'Equipement en 1966-67. Mais ils ne peuvent empêcher la remise en cause profonde de la structure et du message pédagogique de l'Institut en mai 68. L'urbanisme, comme pratique réformatrice et éventuellement technocratique est dans le collimateur de la critique radicale exprimée par la génération d'Henri Lefebvre et Hubert Tonka -tous deux enseignants de l'IUUP- et de la sociologie urbaine marxiste.
Quand éclate La Sorbonne, l'Institut est rattaché à la nouvelle Université de Paris IX-Dauphine, dominée par l'économie. L'énarque Robert de Caumont en est le directeur, et une nouvelle équipe pédagogique se constitue, intégrant les acquis critiques de mai 68. Le désormais "Institut d'Urbanisme de Paris" n'y trouvera pas pour autant un nouvel équilibre: la question du nombre d'étudiants recrutés (la polémique sur le "numerus clausus" est aussi celle de la sélection à l'entrée de l'Université), la position ambiguë de cette lourde unité au sein de l'Université de rattachement, ou le statut des enseignants et le rôle des extérieurs dans les instances qui gèrent l'Institut demeurent des points de friction. Devant l'impossibilité d'assurer le service d'enseignement, la dissolution de l'IUP est votée par son conseil de gestion.

1972 : L'Institut d'Urbanisme de Paris renaît de ses cendres à Créteil. La Sorbonne garde un département d'urbanisme adossé à l'Institut de Géographie de la rue Saint-Jacques (Paris 4).

Mais Pierre Merlin avait créé à Vincennes l'Institut Français d'Urbanisme (IFU)... l'IFU, qui n'est pas davantage "français" que les autres a toujours eu un problème de positionnement vis-à-vis de l'héritage de l'IUP. C'est un Institut "renégat"... D'ailleurs, aujourd'hui, ils sont complètement assiégé par les Ponts et Chaussées et leur super "Institut de la Ville" technico-scientifique.

Pour Urba+, le réseau de l'IUP, la fusion avec l'IFU se pose en ces termes :http://www.urbaplus.org/IMG/pdf/Projet_Urbaplus_2010-2011.pdf

"Urba+ maintiendra une veille pro-active sur la réorganisation de la géographie universitaire et la constitution du PRES de l'Université Paris Est, qui devrait se traduire par le déménagement à terme de l'IUP à Marne La Vallée. Pour Urba+, la structuration d'un pôle scientifique et technique sur la Ville durable à la Cité Descartes pose la question cruciale de l'indépendance pédagogique et professionnelle des Instituts d'urbanisme (IFU, IUP).
L'association Urba+ sera extrêmement vigilante quant aux tentatives de fusion ou d'OPA hostile sur l'Institut d'Urbanisme de Paris. Bien consciente de l'orientation "technico-scientifique" qu'entendait donner le MEEDDM à ce nouveau Pôle de la Cité Descartes, Urba+ veillera à ce que le nom de l'IUP soit préservé. En effet, l'IUP doit être consciente des velléités d'absorption qui pourraient se manifester à terme. Elles devraient être perçue comme des menaces pour l'intégrité professionnelle des urbanistes. L'affaire du concours d'ingénieur territorial a démontré que le primat du "scientifico-technique" avait justifié l'exclusion et la discrimination des formations universitaires en urbanisme, dont les diplômes ont été estampillés "sciences humaines et sociales" avec la réforme du LMD."

En bref : L'IFU doit choisir : s'intégrer dans l'IUP ou dans les Ponts ou Mourir.